Влітку, коли розсада висаджена і в теплицях залишаються тільки зростаючі там види, їх намагаються відремонтувати і підготувати до наступного сезону. В першу чергу оглядають стелажі, потім приступають до ремонту опалювальних приладів, якщо такі є, і профілактичних заходів.
При наявності пічного опалення необхідно оглянути димові труби, димоходи й очистити їх від золи. Систему водяного опалення треба всю промити, перевірити фланці, вентилі, прилади і усунути всі течі.
Потім приступають до ремонту покрівлі. Якщо при цьому засклені рами знімають, то ретельно миють весь каркас теплиці. Робити це слід один раз на рік і найкраще дезинфікуючим розчином за допомогою жорсткої щітки (мал. 1). Скло ретельно миють, протирають і замінюють розбиті цілими.
 
Мал. 1. Дезінфекція каркаса теплиці

Багато садівників недооцінюють важливість підтримки чистоти приміщення теплиці, і в першу чергу стекол. Брудне скло є причиною зниження освітленості, зокрема в зимовий час. Мити скляну покрівлю і стіни теплиці в обов'язковому порядку необхідно два рази на сезон - пізньої осені і навесні. У тих місцях, де скло налягає одне на інше, бруд особливо видно. Його можна видалити за допомогою металевої етикетки або смужки тонкого листового заліза (мал. 2). Якщо теплиця використовується і в холодну пору року, то взимку скло протирають не рідше одного разу на місяць.
 
Мал. 2. Прочищення стиків стекол металевою пластиною

У вологих тепличних умовах неминуче поява плівки зелених водоростей на підлозі, стінах і стелажах. Поверхні при цьому стають слизькими. Щоб видалити водорості, в воду при збиранні додають спеціальні засоби - альгіциди. Дезінфекція не обмежується миттям приміщення.
Крім стін, вікон і стелажів, необхідно ретельно вимити всі піддони, зі стінок горщиків і ящиків зішкребти засохлі залишки ґрунту по краях. Глиняні горщики рекомендується повністю занурювати в воду.
Важливо пам'ятати, що використання брудного устаткування веде до інфікування субстрату різними гнилями. Тому чистота - дуже важлива умова догляду за теплицями.
Щоб не допустити повторного зараження хворобами, усі ємності і судини необхідно звільнити від зараженого субстрату, винести його за межі приміщення і видалити з ділянки, а посуд ретельно промити і продезінфікувати.
Якщо у власників немає можливості поміняти в теплиці землю або пропарити її, необхідно провести дезінфекцію 1% розчином марганцевокислого калію або 3%  розчином нитрафену. Дезінфекція проводиться за 15-20 днів до посадки в теплицю нових рослин.
Після завершення всіх робіт інвентар теж слід вимити в гарячій воді з додаванням дезинфікуючого засобу.
Після ремонту приміщення теплиці обкурюють сіркою або обприскують сучасним дезинфікуючим засобом. Сірки знадобиться 50 г на 1 м3. На переносний жаровні або аркуші заліза в теплицю вносять палаючі вугілля, на які насипають сірку. При горінні сірки утворюється сірчистий ангідрид - високотоксичний газ, тому людина повинна залишити приміщення, як тільки сірка почне тліти.
Двері щільно закривають і залишають теплицю дезинфікуватися на добу. Після обкурювання там наводять порядок: фарбують стіни крейдою або вапном, дерев'яні деталі фарбують світлою емаллю, опалювальні прилади і труби - алюмінієвою фарбою.